ВУЗ был создан на базе ветеринарно-зоотехнического факультета Киевского политехнического института и именовался Киевским ветеринарно-зоотехническим институтом. В 1931 году он разделился на два: Киевский зоотехнический и Киевский ветеринарный институты. В 1934 году Киевский зоотехнический институт был переведен в Днепропетровск и на его базе создан сельскохозяйственный институт с зоотехническим и агрономическим факультетами и заочное отделение с теми же факультетами.
Первым ректором Днепропетровского сельскохозяйственного института был профессор М.О.Селех. В довоенное время кафедры возглавляли академик Ю.В.Чаговец, профессора К.Н.Павловский, И.Н.Жевелев и другие выдающиеся ученые.
Во время войны значительная часть студентов и преподавателей института ушла на фронт, занятия были прекращены, а оборудование эвакуировано на восток. Свою работу вуз возобновил лишь 1 января 1944 года.
В 1952 году в институте был открыт гидромелиоративный факультет, просуществовавший всего 3 года; был восстановлен в 1982 году. В последующие годы были открыты экономический, зооинженерный факультеты, факультет ветеринарной медицины. Сейчас вуз имеет 7 факультетов, более 30 кафедр, на которых работает до 300 преподавателей. 11 января 1991 года институт чисто учебного заведения преобразован в учебно-научный, в связи с этим он получил статус университета.
Сейчас при Днепропетровском аграрном университете работает научно-исследовательский институт агроэкологии, который занимается проблемами рекультивации земель.