Реакция на новый корм проявилась бы сразу, а не через два месяца. Если у собаки сохраняется хороший аппетит, причиной поноса могут быть глисты или простейшие. Сдайте анализы кала, или просто проведите профилактическое лечение антигельминтиками и метронидазолом.